Die Muslim-Liga verlor in den Jahren nach 1947 aufgrund von Konflikten zwischen orthodoxen und liberalen Muslims vorallem in O-Pakistan ständig an politischem Einfluß.
Nachdem zuerst 1954 der Staatsnotstand (wegen des drohenden Bürgerkrieges), dann 1956 die “Islamische Republik” ausgerufen worden waren, setzte sich 1958 General Ayub Khan, gestützt auf das Militär, an die Spitze des Staates. Nach seinem Sturz wurde die “Pakistan People´s Party” (PPP; Vors.: Z.A.Bhutto) 1970 bei den Wahlen zu einer Verfassunggebenden Nationalversammlung in W-Pak. , die Awami-Liga in O-Pak. stärkste Partei. Daraus resultierende schwere Spannungen zwischen den beiden Landesteilen führten 1971 zum Bürgerkrieg. Mit indischer militär. Hilfe setzte O-Pak. noch im selben Jahr seine Unabhängigkeit durch. Der Staat Bangladesch wurde allerdings erst 1974 von Pakistan anerkannt.

Im Gegensatz zur Indischen Union bekannte sich Pak. nicht von Anfang an zur Politik der Blockfreiheit, sondern schloß sich dem Bagdadpakt, der SAETO, sowie der CENTO an und knüpfte auch engere Beziehungen zur VR China. (Pak.-Chin. Grenzvertrag)
Bhutto, der die Führung des Landes übernommen hatte, verstaatlichte u.a. Industriebetriebe und Banken und führte eine Bodenreform durch.
1972 trat Pak. aus dem Commonwealth und der SEATO aus und schließlich, nachdem der PPP Wahlfälschungen nachgewiesen und Bhutto abgesetzt worden war, verließ es auch die CENTO und schloß sich den blockfreien Staaten an.

Die Islamische Republik Pakistan wurde 1973 gegründet und ist Mitglied im Commonwealth. Staatsoberhaupt seit 1997 ist Mohammed Rafiq Tarar (PML-N). Stärkste Partei derzeit ist die Pakistan Muslim Leaque (PML-N), gefolgt von der PPP.
In den letzten 2 Jahren kam es wieder vermehrt zu Auseinandersetzungen zwischen militanten sunnitischen und schiitischen Muslimen.
Auch die Spannungen zwischen Pak. und Indien erreichten 1998 durch die 5 indischen Atomwaffentests (denen 6 pakistanische folgten) einen neuen Höhepunkt. Am 11.6.1998 verkündete Pakistan ein Atomtest-Moratorium.